Ab der Klasse 7 (G9)  kann am Joseph-Haydn-Gymnasium Latein als zweite Fremdsprache gewählt werden. Damit wird es jeder Schülerin bzw. jedem Schüler ermöglicht, das Latinum als Qualifikation für bestimmte Studiengänge (siehe unten) zu erwerben.

Im Lateinunterricht wird nicht nur die Sprache erlernt, sondern auch die dazu gehörende Geschichte und Kultur nahe gebracht. So wird zunächst durch das Unterrichtswerk „Cursus“ in den unteren Klassen in lustigen und spannenden lateinischen Texten das Leben im römischen Reich anhand von Geschichten den Schülern vor Augen geführt. Später wird dann anhand von Schriften großer Dichter wie Ovid oder begabter Redner wie Cicero die Welt lateinischer Poesie und Prosa erschlossen.